Imports & exports (interop)

1. Import de données projet

🟢 L’admin téléverse un CSV/XLSX. Le système lit en-têtes + échantillon, demande un mapping de colonnes (la colonne mention est obligatoire ; sample_id, contexte, fréquence sont optionnels et préservés), puis le worker traite chaque ligne et produit un verdict de réception.

flowchart LR
  F["CSV/XLSX"] --> U["Upload + lecture en-têtes"]
  U --> MAP["Mapping colonnes (admin)"]
  MAP --> IR["import_rows"]
  IR --> W["Worker (par ligne)"]
  W --> Q["ajoutée à la file"]
  W --> CH["cache hit (auto-validée)"]
  W --> PR["pré-routée (hors-scope)"]
  W --> CR["résolue par code"]
  W --> DD["doublon écarté"]
  classDef m fill:#e7f5ec,stroke:#2E7D5B
  class W m

import_rows conserve les colonnes d’origine → base de l’export source_enriched (réinjection LIMS). Voir le pré-routage : Moteur de linking (cœur ML).

2. Exports biobanque

🟢🔵 Trois kind à jeux de colonnes disjoints, tous pseudonymisés côté validateur :

kind	Livrable	Validateur
biobank_mapping	dictionnaire mention→Mondo (LIMS)	pseudonymisé
biobank_source_enriched	fichier source reconstitué + colonnes donor_disease_*	pseudonymisé
audit_training	dump riche interne (predicted_top1, ckpt_version, superseded…)	nominatif

Formats : csv / xlsx / jsonl. Pseudonymisation → Modèle de licence (open-core).

3. Export SPHN oncologie

🟢🔵 kind = sphn_oncology (JSONL SPHN-shaped) : un enregistrement par mention onco décidée, codes SNOMED en identifiants seuls (jamais de libellé licencié), pattern SPHN Concept → hasCode → Code(terminology, value).

flowchart LR
  subgraph MES["Messier (axes + émission)"]
    DM["émission primary"]
    TO["axe topographie"]
    MO["axe morphologie"]
    GR["axe grade (G1–G4)"]
    BE["axe comportement"]
  end
  subgraph SP["SPHN-shaped (JSONL)"]
    OD["OncologyDiagnosis.hasCode<br/>(SNOMED / NCIt si repli)"]
    ST["site (SCTID)"]
    HI["histology (SCTID)"]
    TG["TumorGradeAssessment<br/>(G→SCTID, table vérifiée RF2)"]
    BV["behavior (/0../6)"]
  end
  DM --> OD
  TO --> ST
  MO --> HI
  GR --> TG
  BE --> BV
  classDef m fill:#e7f5ec,stroke:#2E7D5B
  class OD,ST,HI,TG m

Inclusif + tag de fiabilité (min_reliability : high/low). La table grade→SCTID (G1 54102005 · G2 1663004 · G3 61026006 · G4 258245003) a été vérifiée contre le RF2.

4. BBMRI / specimen & TNM — hors périmètre

🟢 Messier code des mentions, pas des patients/échantillons :

• pas de TumorSpecimen (BBMRI) — le linkage sujet/specimen se fait côté biobanque via biobank_source_enriched (identifiants source) ;
• pas de stade TNM (TumorStageAssessment) — linking ≠ staging ;
• le binding terminologique site/histologie (ICD-O-3 vs SNOMED) est une décision externe SPHN / CHU partenaire. Messier émet du SNOMED (seule option légale).

Cadrage complet : notes/51.

Voir aussi

• Pont terminologique & émission (Mondo→SNOMED) · Moteur compositionnel & oncologie (MC).