Moteur compositionnel & oncologie (MC)

1. Pourquoi compositionnel

🟢🔵 Une tumeur ne se réduit pas à un concept : un registre cancer la décrit par plusieurs axes (où ? quel tissu ? quel comportement ? quel grade ?). Messier reproduit cette décomposition via un moteur dédié, la lib open-core MC. Une mention est donc soit simple (un concept Mondo) soit compositionnelle (ancre + axes).

2. Les axes

🔵 La maladie Mondo est l’ancre (axis=null), pas un axe. Les quatre axes :

Axe	Valeur	Terminologie
topographie	site tumoral	SNOMED body structure (SCTID)
morphologie	histologie	SNOMED morphologic abnormality (SCTID)
comportement	/0 /2 /3 /6	échelle ICD-O (dérivée)
grade	G1–G4	valeur → SCTID (table déterministe)

flowchart TB
  A["Ancre : maladie Mondo<br/>(MONDO:xxxx)"]
  A --> T["topographie<br/>SCTID body structure"]
  A --> M["morphologie<br/>SCTID morphologic abnormality"]
  A --> B["comportement<br/>/0 /2 /3 /6"]
  A --> G["grade<br/>G1–G4 → SCTID"]
  classDef anchor fill:#eef4ff,stroke:#3b6
  classDef axis fill:#e7f5ec,stroke:#2E7D5B
  class A anchor
  class T,M,B,G axis

Chaque axe porte un état (pending / inferred / validated / rejected / nil), un chosen (concept_id + system + label), une provenance (text / override / augmented / deterministic / linker) et un raw_value. Contrat moteur : CompositeResult → AxisMapping par axe.

3. Curation onco en 2 temps

🔵 Une mention détectée oncologique (descendant Mondo de neoplasm) ne passe pas directement à validated : un 1ᵉʳ accept (maladie Mondo) la met en pending_oncology (file onco dédiée) ; un 2ᵉ accept, avec les décisions par axe, la fait passer validated.

stateDiagram-v2
  [*] --> pending
  pending --> validated : accept (mention simple)
  pending --> pending_oncology : accept (flag onco)
  pending_oncology --> validated : 2ᵉ accept (axes tranchés)
  pending --> pending_arbitration : request_arbitration
  pending_arbitration --> arbitrated : arbitrate_accept/reject
  pending --> rejected : reject

4. Augmentation déterministe

🔵 À l’arrivée d’une mention onco, le moteur pré-remplit des axes : le flag oncologie est déterministe (hiérarchie Mondo) ; behavior/grade sont inférés (statut inferred, à confirmer) ; les candidats topo/morpho viennent du linker (KB SNOMED). La provenance par champ permet à l’UI de griser / badger « pré-rempli ».

5. Pont Mondo→requête topographique (D21)

🔵 Pour pré-remplir la topographie même quand la mention ne contient pas de span topo explicite, le moteur synthétise une requête depuis l’ancre Mondo :

• Mode A — un span topographique est présent → requête directe.
• Mode B — pas de span (long-tail : Kehlkopf, Harnleiter…) → synthèse depuis l’ancre.

Ce pont atténue le trou de couverture DE sur la topographie onco (cf. asymétrie multilingue, Moteur de linking (cœur ML)).

Voir aussi

• Pont terminologique & émission (Mondo→SNOMED) — émission par axe (SCTID des axes).
• Imports & exports (interop) — l’export SPHN consomme les axes.
• Produit de curation (UX) — l’IDE onco (OncoTabs).